Добрый день!
Пришлите, пожалуйста, на адрес
Signal@signal-com.ru (со ссылкой на форум) фрагменты кода генерации ключей и загрузки ключей для подписи c указанием параметров вызова ф-ций NewKeysGenerationEx и AddPSEPrivateKeyEX .
Уточните версию используемой библиотеки Message-PRO и версию библиотечки etsdk.dll (для работы с файловой системой etoken).
Ошибка инициализации СКЗИ (169) может возникать в случае, когда ключевой носитель испорчен, или неверно задан каталог ключевого носителя, или в указанном каталоге отсутствует структура PSE, или заданный закрытый ключ (если используются не умолчальные значения) не соответствует указанному PSE и пр.